I oktober 2003 gik det omfattende restaureringsarbejde på Elisabeth i gang. I samarbejde med Dragør Baadeværft udarbejdede museet en arbejds- og tidsplan, som skemalagde restaureringsprojektet. Dragør Museum ville bringe Elisabeth K571 tilbage til sit oprindelige udseende, hvilket betød, at arbejdet skulle være virkelighedstro. Formålet var, at Elisabeth K571 skulle fremstå præcist som ved bygningen i 1941.
Skibsbevaringsfonden, som har til formål at bevare historiske fartøjer i Danmark, fulgte hele restaureringsarbejdet. Dialogen mellem Skibsbevaringsfondens konsulenter, Dragør Baadeværft og museet har sikret, at restaureringen af Elisabeth K571, såvel fagligt som håndværksmæssigt er et veludført projekt. Arbejdet tog 11 måneder, hvor også museets bådebygger Søren Levinsen deltog i store dele af arbejdet.

Mast, sejl og rig er rekonstrueret og sejlene er en kopi af de oprindelige. Elisabeth K571 fik skiftet 215 meter klædning i dansk eg ca. 1¼", fordelt både over og under vandlinien. Dæk, skandæk, damdæk og damtragt er udskiftet og det oprindelige styrehus rekonstrueret.

Videoklip (48,6 Mb) fra restaureringen.

"Elisabeth" før restaureringen.
Foto: Museum Amager.

"Elisabeth" efter restaureringen.
Foto: Museum Amager.